Autorzy ekspertyzy proponowali przyjęcie trzech celów głównych równoległych, a mianowicie:

1. Stały wzrost znaczenia miasta w gospodarczym rozwoju kraju oraz Europy
    Bałtyckiej.
2. Przeciwdziałanie mogącym się pojawić procesom dalszego osłabienia
    pozycji miasta i całego subregionu (tzw. peryferyzacji).
3. Zrównoważenie procesu rozwoju ekonomicznego ze społecznym
    ekologicznym i przestrzennym, jako niezbędny warunek utrzymania
    trwałości rozwoju, zgodnie ze światowym standardem.

Przyjęcie do realizacji tak sformułowanych celów równoległych w efekcie przekraczałoby kompetencje i możliwości samorządu lokalnego. Dlatego w ramach prowadzonych dyskusji i uzgodnień intencje ekspertów uwzględniono w postaci zapisu jednego celu głównego.

Realizacja celu głównego przyjętego w strategii oparta będzie na wykorzystaniu szans i możliwości zewnętrznych, ale uwzględniając głównie wewnętrzny potencjał gospodarczo-ekonomiczny i społeczny miasta.
Na realizację celu głównego składają się następujące cele bezpośrednie:

1. Podniesienie konkurencyjności miasta.
2. Restrukturyzacja i rozwój obszarów miejskich.
3. Wysoko rozwinięta przedsiębiorczość.
4. Edukacja; rozwój zasobów ludzkich.
5. Elbląg znanym ośrodkiem turystycznym.
6. Elbląg przyjazny środowisku naturalnemu.
7. Elbląg miastem atrakcyjnym do zamieszkania.
8. Ochrona i rozwój dziedzictwa kulturowego.

Dla zachowania czytelności oraz spójności tej części dokumentu przyjęto następujący schemat budowania strategii:
• Wizja
• Cel główny
• Cele bezpośrednie i podcele
• Zadania i ważniejsze przedsięwzięcia
• Warunki ogólne ważne dla zrealizowania celów bezpośrednich, podcelów i
   zadań.

Pełne zachowanie tego schematu nie dotyczyło wszystkich dziedzin uwzględnionych w strategii.